Você precisa sempre construir e modificar o Stage e objetos scene na JavaFX Application Thread. Veja que JavaFX (assim como o Swing) é um modelo single-threaded UI.
Para os desenvolvedores JavaFX, isso é uma restrição. Você cria elementos UI, que respondem a eventos de manipulação, manipula animações dinâmicas, ou faz mudanças no gráfico do scene e tudo isso executa na JavaFX Application Thread.
Para manter o UI responsivo, você deve manter algumas tarefas no background e separar das threads. Nesse caso, tarefas que modificam a UI devem ser separadas das que são executadas no background thread.
Felizmente, JavaFX possui uma API que ajuda desenvolvedores a separar o programa em várias threads. Isso mantém a UI thread responsiva para os eventos do usuário.
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